1983年10月，海南区机构编制办公室成立，与劳动人事科合署办公，隶属海南区政府。2002年4月，进行党政机构改革，海南区机构编制办公室单列，改称海南区机构编制委员会办公室，为区机构编制委员会的常设办事机构，既是区委的工作部门，也是区政府的工作部门，列区委工作机构序列（挂事业单位登记管理局、车辆编制办公室牌子）。2019年3月新一轮党政机构改革中，海南区机构编制委员会办公室更名为中共乌海市海南区委员会机构编制委员会办公室，是区委机构编制委员会的办事机构，承担海南区委机构编制委员会日常工作，为正科级，列党委工作机关序列，加挂乌海市海南区事业单位登记管理局牌子，归口区委组织部管理。